Bài viết này sẽ làm rõ những vấn đề mà rất nhiều doanh nghiệp nhỏ và vừa đang băn khoăn, từ việc có bắt buộc phải quyết toán thuế hàng năm hay không, những trường hợp nào được miễn hoặc áp dụng thủ tục giản lược, cho đến cách phân biệt doanh nghiệp nhỏ và vừa với hộ kinh doanh theo quy định thuế mới áp dụng từ năm 2026. Bên cạnh đó, bài viết cũng chia sẻ thêm những lưu ý thực tế trong quá trình quyết toán để doanh nghiệp chủ động hơn và tránh các rủi ro không đáng có.
Quyết toán thuế hàng năm là gì và đối tượng bắt buộc
Quyết toán thuế hàng năm
Quyết toán thuế là việc doanh nghiệp tổng hợp, đối chiếu số liệu kế toán, báo cáo tài chính và thực hiện kê khai đúng các loại thuế phải nộp cho cơ quan thuế sau một năm hoạt động. Đây là thủ tục pháp lý bắt buộc với hầu hết các tổ chức kinh tế có phát sinh hoạt động kinh doanh tại Việt Nam.
Quyết toán sẽ bao gồm nhiều sắc thuế liên quan như:
- Thuế thu nhập doanh nghiệp (CIT)
- Thuế giá trị gia tăng (VAT)
- Thuế thu nhập cá nhân (nếu có phát sinh trả lương)
và các sắc thuế – khoản thu khác theo quy định hiện hành.
Doanh nghiệp nhỏ và vừa có bắt buộc phải quyết toán thuế không?
Câu trả lời là có, doanh nghiệp nhỏ và vừa bắt buộc phải thực hiện quyết toán thuế hàng năm nếu doanh nghiệp đó hoạt động và có phát sinh nghĩa vụ thuế theo quy định pháp luật. Quy định này áp dụng cho mọi doanh nghiệp được thành lập theo Luật Doanh nghiệp, kể cả các doanh nghiệp nhỏ hoặc siêu nhỏ.
Luật thuế Việt Nam không miễn trừ hoàn toàn nghĩa vụ quyết toán thuế cho doanh nghiệp nhỏ và vừa; nghĩa vụ này vẫn phải thực hiện đầy đủ theo thời hạn pháp luật quy định, trừ khi doanh nghiệp được áp dụng ưu đãi thuế đặc thù theo các chính sách khuyến khích đầu tư hoặc ưu đãi thuế khác (xem phần sau).
Các trường hợp có thể được miễn hoặc giản lược quyết toán thuế
1. Ưu đãi miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 3 năm
Một trong những chính sách nổi bật từ Resolution 198/2025/QH15 và Decree 20/2026/NĐ-CP là miễn thuế thu nhập doanh nghiệp (CIT) trong 3 năm đầu cho doanh nghiệp nhỏ và vừa mới thành lập.
Theo đó:
- Doanh nghiệp nhỏ và vừa (SME) được miễn 100% thuế thu nhập doanh nghiệp trong 3 năm kể từ ngày cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu nếu doanh nghiệp đáp ứng điều kiện là SME theo tiêu chí quy định.
Điều này có nghĩa là dù vẫn phải quyết toán thuế như bình thường, nhưng trong 3 năm đầu doanh nghiệp sẽ không phải nộp khoản thuế thu nhập doanh nghiệp này nếu không có thu nhập chịu thuế phát sinh sau ưu đãi.
Lưu ý: Miễn thuế CIT không đồng nghĩa miễn quyết toán thuế, doanh nghiệp vẫn phải lập hồ sơ quyết toán và kê khai theo đúng quy định, chỉ là không phát sinh nghĩa vụ đóng thuế CIT trong thời gian ưu đãi.
2. Doanh nghiệp mới thành lập chưa phát sinh doanh thu chịu thuế
Một số doanh nghiệp mới thành lập trong năm đầu hoạt động nhưng chưa phát sinh doanh thu hoặc thu nhập chịu thuế có thể không phát sinh nghĩa vụ nộp thuế tại kỳ quyết toán. Tuy nhiên, việc không phát sinh thuế không có nghĩa là được miễn quyết toán. Doanh nghiệp vẫn cần nộp tờ khai quyết toán thuế gửi cơ quan thuế để khẳng định thực trạng này.
3. Doanh nghiệp tạm ngừng hoạt động hợp pháp
Nếu doanh nghiệp đăng ký tạm ngừng hoạt động hợp pháp trong năm và gửi thông báo trước thời hạn nộp thuế, có thể được giản lược một số hồ sơ quyết toán theo quy định về thuế môn bài và các kỳ kê khai. Tuy nhiên doanh nghiệp vẫn cần trao đổi trực tiếp với cơ quan thuế để xác nhận nghĩa vụ quyết toán thuế cuối năm.
Phân biệt doanh nghiệp nhỏ và vừa và hộ kinh doanh theo luật mới 2026
Để hiểu rõ nghĩa vụ quyết toán thuế, cần phân biệt rạch ròi giữa doanh nghiệp nhỏ và vừa với hộ kinh doanh cá thể – vì hai loại hình này có chế độ thuế áp dụng khác nhau sau 2026.
Doanh nghiệp nhỏ và vừa
Doanh nghiệp nhỏ và vừa (SME) là tổ chức được thành lập theo Luật Doanh nghiệp và đáp ứng tối thiểu một số tiêu chí nhất định về tổng doanh thu, tổng tài sản và số lao động. SME dù nhỏ vẫn phải tuân thủ chế độ kế toán, hóa đơn và thuế như các doanh nghiệp khác theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp và Luật Quản lý thuế.
Thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp áp dụng tiêu chuẩn 20%, nhưng SME có thể được hưởng ưu đãi miễn thuế CIT 3 năm đầu nếu đáp ứng điều kiện theo chính sách mới 2026.
Hộ kinh doanh cá thể
Kể từ 01/01/2026, Việt Nam xóa bỏ hoàn toàn phương thức thuế khoán và áp dụng cơ chế tự kê khai – tự nộp thuế đối với hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh.
Theo quy định hiện hành:
- Hộ kinh doanh có doanh thu ≤ 200 triệu đồng/năm không phải nộp thuế VAT và TNCN, nhưng vẫn phải khai thu nhập để xác định nghĩa vụ thuế.
- Hộ kinh doanh lớn hơn (≥ 200 triệu/năm) phải kê khai thuế theo tỷ lệ trên doanh thu hoặc theo phương pháp khấu trừ nếu doanh thu lớn hơn quy định. Các nhóm doanh thu khác nhau có nghĩa vụ kê khai – nộp thuế kỳ hạn khác nhau.
Như vậy, hộ kinh doanh không thuộc phạm vi doanh nghiệp SME, và mặc dù áp dụng chính sách thuế mới 2026, hộ kinh doanh cũng có nghĩa vụ kê khai quyết toán thuế theo quy định, nhưng cơ chế, kỳ hạn, mức đóng và cách tính khác với doanh nghiệp.
Lưu ý quan trọng khi quyết toán thuế
Cập nhật thay đổi luật thuế 2026
Các thay đổi chính sách thuế lớn từ năm 2026 tác động mạnh đến doanh nghiệp nhỏ, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh, trong đó đáng chú ý là:
✔ Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 3 năm cho SME mới thành lập
✔ Xóa bỏ thuế khoán và áp dụng kê khai thuế cho hộ kinh doanh từ 1/1/2026
✔ Hộ kinh doanh doanh thu dưới 200 triệu đồng/năm không phải nộp VAT và TNCN
Doanh nghiệp cần chú ý cập nhật liên tục các văn bản hướng dẫn kèm theo từ Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế để kê khai đúng và tránh bị xử phạt do hiểu sai quy định.
Hồ sơ quyết toán đầy đủ và minh bạch
Ngay cả khi được miễn thuế hoặc ưu đãi thuế, doanh nghiệp vẫn phải lập hồ sơ quyết toán đầy đủ, minh bạch và nộp đúng hạn. Các loại hồ sơ quyết toán thuế bao gồm:
- Tờ khai quyết toán thuế TNDN
- Báo cáo tài chính đã kiểm toán (nếu bắt buộc)
- Hồ sơ kê khai VAT, TNCN và các loại thuế khác
- Chứng từ liên quan chứng minh quyền lợi ưu đãi thuế
Tóm lại, doanh nghiệp nhỏ và vừa vẫn bắt buộc phải quyết toán thuế hàng năm theo quy định pháp luật Việt Nam, bất kể quy mô hay điều kiện hoạt động. Tuy nhiên, với các ưu đãi mới áp dụng từ 2026, doanh nghiệp có thể được giản lược nghĩa vụ thuế phải nộp trong một số trường hợp, đặc biệt là miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 3 năm đầu nếu đáp ứng điều kiện là SME mới thành lập.
Điều quan trọng là doanh nghiệp phải nắm rõ từng loại thuế, kỳ hạn kê khai, và cập nhật kịp thời các thay đổi pháp luật, tránh hiểu sai dẫn đến phạt chậm nộp hoặc không được hưởng ưu đãi đúng quy định.
